c) Die fünf Fenster hinter und über dem Hauptaltar.
Von dem Platze des großen Leuchters aus bietet sich uns ein freier Blick auf die fünf bunten Glasfenster des hohen Chores dar. Wir beschreiben dieselben der Reihe nach von links nach rechts. In dem ersten linken Fenster sehen wir, oben und unten von Teppichmustern in Grisaille-Malerei eingeschlossen, die Standfiguren Jakobus des Älteren, des Paulus und Johannes des Täufers.
In dem zweiten Fenster sehen wir unten drei neuere Wappen des deutschen Reiches, Preußens und Brandenburgs mit der Unterschrift: „Wilhelm, von Gottes Gnaden Deutscher Kaiser, König von Preußen, Kurfürst von Brandenburg“. Diese Inschrift wurde zur Erinnerung an die durch Prof. Haselberger 1872 ausgeführte Restauration der drei Hauptfenster angebracht. Über dem mittleren Wappen steht noch die alte Jahreszahl 1467, die das Jahr der ursprünglichen Entstehung der Fenster angibt. Über den drei Wappen ist nun der „Tod der Maria“ dargestellt. Die Jungfrau ruht auf einem Bette, den Oberkörper etwas erhöht, während die Apostel in verschiedener Stellung und Bewegung die Sterbende umgeben. Johannes reicht ihr mit jenem naiven Anachronismus der mittelalterlichen Kunst die geweihte Kerze; Petrus nimmt den Weihwedel aus dem Weihwasserkessel, welchen ein Apostel emporhält; zu den Füßen eines Apostels steht das Weihrauchfass; an der Seite sitzen zwei mit aufgeschlagenen Büchern; wieder ein anderer reicht der Sterbenden knieend ein Kreuz dar; wieder andere stehen, sitzen, knien und beten für die scheidende Seele. Über diesem Bilde sehen wir die „Krönung der Maria“. Vater und Sohn halten die Krone über dem Haupte Mariens. Bei großartigster Konzeption der ganzen Anordnung und Gruppierung ist es vorzugsweise die hohe Schönheit der Gestalten und vor allem der Köpfe, welche uns anzieht. Der frühere Konservator von Quast schreibt: „Ich wüsste ihnen seit den Zeiten des Meisters Stephan kaum etwas Ähnliches in Deutschland an die Seite zu stellen. Ich stehe nicht an, diese beiden Glasgemälde (das 2. und 4. Fenster im Hauptchor) für die schönsten malerischen Kunstwerke der 2. Hälfte des 15. Jahrhunderts in Deutschland anzunehmen.“
Das 3. (mittlere) Hauptfenster zeigt zuunterst in den drei blaugemusterten Feldern ebenso viele schwebende Engel in weißen Gewändern mit wenigen farbigen Streifen und reichen Flügeln aus grünen und goldenen Pfauenfedern. Jeder Engel hält einen schräg gelehnten Schild – der mittlere weiß mit dem roten brandenburgischen Adler, die beiden anderen auf rotem und schwarzem Grunde das weiße Johanniterkreuz, das hier noch nicht die spätere Formbildung zeigt. Der rote Schild ist das allgemeine Ordenswappen, der schwarze das der Ballei Brandenburg.
Das 4. Hauptfenster zeigt zunächst die folgende Inschrift unten: „Vrederich von gades ghenade markgrave to bran. kamerer des hilchen Romische rikes ynde kurfurst. 1467.“ Darüber befinden sich drei herrliche Wappen. Das mittlere Wappen trägt in weißem Felde den roten brandenburgischen Adler, überstiegen von dem goldenen, mit einer goldenen Krone geschmückten Helm, aus dem zwei schwarze mit goldenen Herzen (Schellen, Flammen) bestreute Adlerflügel emporwachsen. Das nördliche Feld zeigt den Nürnberger Löwen, schwarz mit roter Krone auf goldgelbem Untergrund, als Helmzier eine Eule (Symbol der Weisheit) zwischen rot und weiß gestickten Büffelhörnern; das südliche Feld dagegen zeigt den schwarz- und weißquadrierten Zollernschild, überragt als Helmzier von einem Brackenkopf, d.h. dem Kopf eines Hundes mit herabhängenden Ohren und Lefzen. Jeder dieser drei Schilde ist von der Kette des Schwanenordens umgeben, deren Kleinode in die Schrift hineinhängen. Aus dieser Schrift geht hervor, dass dieses Kunstwerk noch von Friedrich II. Eisenzahn, dem Stifter des Schwanenordens, herrührt. Durch die gleichfalls vorhandene Jahreszahl 1467 werden diese Darstellungen der Schwanenordenskette unter allen bisher bekannt gewordenen als die ältesten mit einer Jahreszahl versehenen festgestellt. Die einzelnen Glieder oder Premsen der Kette bestehen aus je zwei nach innen gezahnten Seitenschienen, welche ein blutiges, rotes Herz zwischen sich halten. Nach der Meinung des frommen Stifters sollte solche Premse ein Zeichen sein, „dass wir unseren frechen Mut, Eigenwillen und Wollust zwingen, unter Gottes Hand uns demütigen, und unser Herz mit Premse (Marterwerkzeugen) wahrer Reue, Beichte und Buße kasteien sollen.“ An dieser Kette ist das Bild der Maria mit dem Jesuskinde auf dem Arme befestigt; darunter befindet sich ein mit den Spitzen aufwärts gekehrter Halbmond mit der Inschrift: „Ave mundi Domina“. Das Ganze soll an die Gnade und Hilfe, die uns die Jungfrau Maria erworben hat, erinnern. Unter diesem Bilde hängt das eigentliche Ordenssymbol, ein Schwan, der durch sein reines Gefieder die Reinheit des Herzens und durch seinen Gesang kurz vor seinem Tode das stete Andenken an den Tod bezeichnen soll. Den Schwan umgibt eine gewundene Dwele (Binde); an deren beiden herabhängenden Zipfeln je fünf Kettchen mit Glöckchen hängen, welche mit ihrem Klange den Ritter an die zehn Gebote, an die Wachsamkeit und Bereitwilligkeit zu guten Werken erinnern sollten. Über diesen drei herrlichen Wappen sehen wir (von oben nach unten) „Adam und Eva“ unter dem Baum, an dem sich die mit menschlichem Antlitz gemalte Schlange emporringelt; darunter Adam und Eva aus dem Paradies vertrieben, darunter die Erschaffung des Weibes aus der Rippe des Mannes. Die Figuren sind stets mit grünen Bäumen gemischt. Die erste Gruppe ist auf rotem, die zweite auf blauem Grunde.
Das 5. Hauptfenster, das dem 1. entspricht, zeigt die Standfiguren Johannes des Evangelisten, des Petrus und des Bartholomäus, darunter und darüber wieder dasselbe Teppichmuster.