Die politische Zugehörigkeit der Stadt in diesem Zeitraum.
Hatte die Stadt Werben unmittelbar unter der Oberhoheit der Markgrafen gestanden, so brachte das Jahr 1196 ein Ereignis mit sich, welches dieses Verhältnis änderte. Die beiden brüderlichen Markgrafen Otto II. und Albrecht II., Graf von Arneburg, waren in den Bann getan. Um sich von demselben zu befreien, boten sie zum Heil ihrer Seelen dem Erzbischof Ludolf von Magdeburg ihre eigentümlichen Besitzungen in der Altmark und in mehreren anderen Gegenden an und empfingen dieselben vom Stifte Magdeburg mit dem Rechte der Nachfolge, selbst für die weibliche Linie, als Lehen zurück. Damit gingen auch Seehausen und Werben unter die Lehnshoheit des Erzbistums Magdeburg über. Zu Arneburg wurde um diese Zeit ein markgräflicher Vogt eingesetzt, welchem man die Wahrnehmung des Schlosses und seiner Zubehörungen übertrug. So blieb Werben im ganzen 13. Jahrhundert im Besitz zwar der Markgrafen, aber unter magdeburgischer Lehnshoheit.
Gegen das Ende des 13. Jahrhunderts diente die ganze Vogtei Arneburg, die sich ja auch über die Städte Werben und Seehausen erstreckte, der Gemahlin des Markgrafen Hermann, namens Anna, einer Tochter des Königs Albrecht, als Wittum. Diese Markgräfin behielt diesen Sitz noch bei, als sie sich später mit einem Herzoge von Breslau wiedervermählte; sie behauptete den Besitz noch über die Zeit des Aussterbens des anhaltischen Markgrafenhauses hinaus.