Die Fenster im südlichen Seitenschiff.
K eröffnet mit acht kleinen Feldern, ganz dem Fenster D entsprechend, auch in Bezug auf das Teppichmuster, die Glasmalereien im dem südlichen Chorabschluss. In jenen Feldern sind von links nach rechts unten und oben die „Geburt Christi", „die Taufe", „die Emmausjünger“, „die Auferstehung“, „die Kreuzigung" und „die Himmelfahrt" dargestellt. Leider sind auch diese Malereien zu hoch angebracht, als dass man sie mit bloßem Auge recht erkennen könnte.
L zeigt oben die Standfiguren der Katharina, Elisabeth, Ottilie, des Paulus, Petrus und Andreas. Unter demselben ist dieselbe architektonische Gliederung wie in C. Darunter ist „die heilige Wandlung in der Messe“ dargestellt. Ein Priester zelebriert am Altar die Messe, bedient auf der einen Seite von himmlischen, auf der anderen Seite von irdischen Ministranten, denen nach den lateinischen Inschriften auf den aufsteigenden Spruchbändern die Worte in den Mund gelegt werden: „Heilig, heilig, heilig ist der Herr Zebaoth und voll sind Erde und Himmel Deines Ruhmes, Hosanna in der Höhe!" Über dem Priester erscheint Gott Vater mit den Worten: „Dies ist mein lieber Sohn, an dem ich Wohlgefallen habe", welche Worte eben auf die „Wandlung“ hinweisen sollen. Jedenfalls stammt auch dieses Fenster wie C aus dem Ende des 15. Jahrhunderts.
M, das letzte der Fenster, ist wieder hochinteressant mit seinen 33 Feldern. Oben die Glorifikation der Maria zwischen Gott Vater und Gott Sohn, darunter die Taufe Jesu im Jordan, fast ganz erneuert. Der Kopf des Heilands war erhalten. Der Künstler hat den Ton und die Naivität der alten Zeit wohl getroffen. Links steht Johannes im härenen Gewande, rechts ein Engel mit dem Trockentuch. Unter dieser Szene befindet sich eine frühgotische „Anbetung der Weisen", bei der ein Weiser als Mohr erscheint, und als unterste Darstellung eine „Kreuzigung" mit dem heiligen Adalbert und der heiligen Barbara. In Lebensgröße steht links vom Beschauer noch einmal die Figur des heiligen Adalbert und rechts die der heiligen Katharina. Ersterer war der Namensheilige Kurfürst Albrechts, letztere die Namensheilige seiner Gemahlin Katharina, so dass gerade bezüglich dieses Fensters die Voraussetzung wohl begründet ist, dass Albrecht Achilles dasselbe gestiftet habe. Als Urkunde über die vollendete Restauration ist korrespondierend mit der Inschrift von 1638 eine Tafel unten in M angebracht, mit dem Wortlaut: „1891 hat der Gemeinde-Kirchenrat die alten Fenstermalereien im Schiff dieser Kirche von dem Königlichen Institut für Glasmalerei in Berlin wieder herrichten lassen. Gott zu Ehren, der Gemeinde zum Frommen, den alten Geschlechtern zum Andenken."
Die Gesamtwirkung der Bilder ist ebenso kräftig wie wohltuend; die Farben sind kunstvoll gruppiert; in einigen der älteren Szenen waltet das Silberweiß, in anderen das Grün vor. Jedenfalls bilden diese Glasmalereien bei weitem den wichtigsten und hervorragendsten Schatz der Kirche.
Zum Andenken an die Beschießung der Stadt und Kirche durch Tilly und Pappenheim ist eine Inschriftentafel in einem Fenster der Südseite angebracht, und zum Gedächtnis des Besuches, den Friedrich Wilhelm IV., der Stifter des Instituts für Glasmalerei, der Werbener Kirche am 26. Mai 1841 machte, ist eine darauf bezügliche Inschrift in dem Fenster über der Domänentür wieder erneuert worden.